دکتر محمد ملکی در بیستم تیرماه ۱۳۱۲ در تهران به دنیا آمد و در تمام سالهای تحصیل و فعالیتهای خود به مبارزه مشغول بود.
«عمار ملکی» فرزند دکتر ملکی با تایید این خبر در حساب کاربری توییتر خود نوشت: «چراغ خانه خاموش شد، حسرت دیدار ابدی گشت. هنوز سر از سوگ مادر برنداشته بودیم که پدرم، جان و جانان جدامانده من، درگذشت. مبارز خستگیناپذیر راه آزادی و یاور آزادیخواهان ایران به آرامش ابدی رسید.»
دوران سرپرستی دانشگاه تهران توسط او تنها دورهای بود که به اصرار او به صورت شورایی متشکل از استادان، دانشجویان و کارمندان اداره میشد و این شوراها، خود رئیس دانشکده و در نهایت رئیس دانشگاه را تعیین میکردند.
محمد ملکی در مسیر مبارزه و تلاش برای رسیدن به یک حکومت دموکراتیک از سال ۱۳۶۰ بصورت مداوم بازداشت و زندانی شد.
در آخرین نوبت بازداشت او در سال ۱۳۸۸ و در جریان اعتراضات مردمی به نتایج انتخابات ریاست جمهوری در تاریخ ۳۱ مرداد با حکم قاضی حداد و توسط ماموران وزرات اطلاعات بازداشت و ۱۹۱ روز را در زندان گذراند.
به گزارش عفو بینالملل که در تاریخ ۱۲ خرداد ۱۳۹۶ منتشر شد گزارش شده بود که دکتر ملکی توسط دولت ایران از ترک کشور برای دیدار با فرزندانش از جمله در هلند و کانادا منع شده و ممنوعالخروج است.
از آخرین فعالیتها و مبارزه های محمد ملکی میتوان به امضای نامه استعفای علی خامنهای و گذر از جمهوری اسلامی موسوم به بیانیه ۱۴ نفر اشاره کرد. این فعال حقوق بشر بابت امضای این نامه بازداشت و زندانی شد.